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第十五集(03/11)
S Team雖成功剿滅瓦干布，但案件仍然佈滿重重疑雲，杜文彬宣稱不知道DH2是甚麼，在其公司中亦找不到可疑之處，但無論如何，DH2已引來各方勢力的覬覦，其中就包括鵬港的貿易公司代表金智海。文下令繼續調查杜文彬，以及其他可能的化學武器製造者，同時命令軒、寶帶隊監視來港的金智海。因為文認為，金智海的背景非常神秘，此次到港，恐怕是別有所圖。杜文彬應邀出席醫藥界的展覽，與董啟超狹路相逢，揭露出兩人的往事：杜文彬多年前曾是董啟超的得力幹將，但在某次醫藥事故中，董啟超卻推卸責任，把一切歸罪於杜文彬和其拍檔蔡肇培，董啟超和杜文彬因此反目成仇。之後，杜文彬靠一己實力創業成功，成為董啟超最大的競爭對手。杜文彬離開展覽後，竟在電梯中遇到等候多時的金智海……

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第十六集 (03/14)
金智海和杜文彬在電梯碰面，短暫交談幾句後便離開，這一切均被S Team看在眼中，Don透過口型分析，判斷兩人對話有可能跟化學武器交易有關，文立即下令繼續追查，不可放過任何蛛絲馬跡。樂從警隊離開後，接近杜以盈，並取得杜以盈的信任，終於來到杜文彬的醫藥公司擔任保安顧問，樂了解完公司的運作和結構後，向杜文彬提出幾個保安系統的漏洞，杜文彬不虞有詐，授意樂為公司進行全面的保安升級。另一邊，許森受邀和董啟超見面，董啟超對許森讚賞看重，極力拉攏許森，試圖吸引他跳槽到自己手下辦事。軒、寶跟蹤金智海，但對方擅長易容，十分狡猾，軒、寶一時難以將他辨識，過程中寶更被金智海打傷。寶受傷後，軒悉心照料寶，此次受傷把軒、寶二人的距離拉近，兩人心中暗生情愫。

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第十七集 (03/15)
S Team對杜文彬的調查中，發現樂出現在杜文彬身邊。文、Don得知此事，心中均是一沉，不想樂繼續以身犯險。樂藉升級杜文彬公司保安系統，暗中獲取許可權，以深入調查。許森研究進展受阻，再次向杜文彬提及當年實驗室資料一事，但這次杜文彬一改之前態度，帶許森前往塵封已久的實驗室，樂從保安系統留意兩人行蹤，立刻跟蹤。杜文彬帶許森進入實驗室，向其告知當年實驗室曾發生意外，自此之後他便將其封鎖，從此中斷化學物抗素劑的研究。樂暗中偷聽二人對話，卻在關鍵時刻收到醫院的消息：小魚傷勢突然嚴重，需做緊急手術。樂心急火燎趕往醫院，然而小魚已奄然而逝，樂傷心欲絕。杜文彬帶許森看完實驗室後，透露當年的研究主管蔡肇培在實驗室事故後，神秘失蹤，至今下落不明。

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第十八集 (03/16)
樂在小魚死後，悲憤痛苦，發誓要將化學武器的買賣者徹底剷除。為此，他找上軒，希望和他合作。軒心中為難，一方面不認同樂私自查案的做法，但另一方面也認同樂的確有所收穫，令真相越來越接近。根據樂的線索，S Team調查當年杜文彬、蔡肇培與秘密實驗室的事件，得悉蔡肇培在實驗室事故後，曾遭警方逮捕，並入獄受刑，但一場神秘大火之後，蔡肇培卻消失得無影無蹤。軒為進一步查出事件真相，找上許森向其打探，然而許森並沒有提供任何資訊。
董啟超的公司遭揭發，指其秘密生產違法藥物，背後竟是許森暗中策劃。原來許森竟是董啟超的私生子，但他的最終目的，仍是未解之謎。S Team尋找蔡肇培的下落，最終發現他躲藏在油麻地的一間中醫館內，原來多年來，蔡肇培便躲在此處，更和女中醫蘭產生感情。

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第十九集 (03/17)
蔡肇培被捕後，Mr.T和Mike此時找上警方，以國際反恐聯盟的身份，要求接手案件，帶蔡肇培回總部調查。文得知此事，對Mike更加不滿，但警務處長和Mr.T會面後，最終同意將此案交給國際反恐聯盟。S Team隊員雖不滿，卻也只能服從上級命令。蔡肇培被轉移到反恐聯盟的安全屋，但他趁看守不備，利用自己的化學知識，成功製造混亂逃離。杜文彬屢次追問許森有關化學物抗毒劑的進展，情緒焦躁不安，許森心中疑惑。同時，軒、寶成功再次追蹤到金智海的行蹤，軒與金智海正面對峙，金智海知道自己行蹤已經敗露，與杜文彬交易只得暫時作罷，離開香港。杜以盈邀請杜文彬和樂一齊共進晚餐，樂發現杜文彬心不在焉，似是滿腹心事，吃到一半，杜文彬接到一個電話，突然面色大變，匆匆離開。蔡肇培逃脫，引起軒然大波，文指責反恐聯盟看管關鍵疑犯，防備竟如此兒戲。分析之後，更懷疑蔡肇培的逃脫，有內鬼幫忙。

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第二十集 (03/18)
Mike眼見自己已被列入懷疑名單，為查真相，偷偷返回安全屋現場，尋找線索。
蔡肇培蘇醒後，發現杜文彬站在自己身前，大驚失色。杜文彬解釋自己收到蔡肇培的電話，才將其接過來，但蔡肇培不信自己曾打過電話給杜文彬。兩人爭論中，揭露當年往事：原來在實驗室意外後，公司也面臨破產。杜文彬妻子玥不欲丈夫心血毀於一旦，竟將研究資料賣給鵬港的金智海，以解財困。蔡肇培知根據這些資料，極有可能研製出威力強勁的化學武器，於是與杜文彬分道揚鑣，但他卻不知杜文彬也不贊成此事，更試圖阻止妻子和金智海的交易。樂得知蔡肇培逃脫一事，再結合昨晚杜文彬種種異狀，懷疑和他有關，調查過程中卻遭許森處處阻攔。原來許森受杜文彬的拜託，幫忙照料情緒不穩的蔡肇培，更幫忙隱瞞其下落。Mike也懷疑蔡肇培的逃脫有內鬼，就在他調查到反恐聯盟的一名探員時，該名探員突然中槍死亡。 Mike自知自己被人故意陷害，向Mr.T求助，然對方卻叫Mike離開香港。

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第二十一集(03/21)
Mike知道只有自己可以證明清白，為查出真相，不惜拒捕。被全城通緝的他，走投無路之下只能投靠他唯一信任的人——展敏莉。兩人相識多年，莉其實是文的妹妹，多年來一直試圖修補文、Mike之間的關係，也是唯一相信Mike是無辜的人。樂懷疑杜文彬和許森，軒雖一時無法相信兒時好友會與化學武器交易有關，但也不得不承認他對許森瞭解甚少，尤其是許森離開香港後數年，行蹤一直成迷。寶查到許森被一個名為濟群會的教會收養，於是和軒一起去瞭解許森的資訊。過程中軒、寶赫然發現，那名死去的反恐聯盟探員，竟然也是在此處被收養，和許森一起離開香港。軒、寶回去確認這一資訊後，認為此事背後必有蹊蹺，決定再次回去教會調查。怎料卻被濟群會主任George Hill襲擊，對方更燃起大火，試圖燒毀整間屋。S Team在濟群會主任辦公室中，發現牆上有疑似密碼刻成的文章，經專家分析後，竟是一種古老文字，然而翻譯需時。軒心中驚疑不定，沒想到許森的背景竟如此神秘。

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第二十二集(03/22)
許森照顧蔡肇培的這段時間，耍心計令蔡肇培漸漸放下心中防備，一心要取得蔡肇培的信任。許森知道蔡肇培的過往慘痛經歷後，更表示願意協助蔡肇培逃跑。許森安排蔡肇培和女中醫蘭一起逃走，然而過程中卻遭到一夥神秘人襲擊，最終蘭慘死於蔡肇培面前。蔡肇培傷心欲絕，想不到自己為了不願製造出化學武器，一輩子逃避，卻始終避不了才華帶來的災難，如今更禍及心愛的女人……許森看准蔡肇培正值心靈最軟弱、信念最動搖的時刻，便趁機出言唆使蔡肇培，灌輸自己的一套歪理，一心想改變蔡肇培的價值觀，蔡肇培在蘭死後大受打擊、精神萎靡，漸漸被許森黑化。許森和董啟超碰面，告知董啟超，蔡肇培已同意研發DH2，待時機成熟，自己便會將DH2親自交給董啟超。原來二人一直有所密謀，連杜文彬也被蒙在鼓裡。

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第二十三集(03/23)
Mike偷偷找上Don，告知對方反恐聯盟的探員死去時，現場有第三人，然而Don表示附近CCTV都找不到有此人存在。文知道Don和Mike會面後，大發雷霆，質問Don為何不逮捕疑犯，Don認為案件確有可疑，他選擇相信Mike. 文一怒之下，將Don開除出S Team。S Team收到線報，得知一名新買家Alden Pat到港，準備購買DH2，於是布下嚴密監視，卻發現此人是和董啟超接觸。軒、寶疑惑究竟DH2是杜文彬還是董啟超研製，決定繼續追查。S Team透過監控董啟超和Alden Pat，得知二人很快就要交易。然而交易當日，董啟超卻詭計頻出，試圖擺脫S Team的追蹤，好在軒機智識破其軌跡，最終鎖定董啟超和Alden Pat在油漆廠交易。事關化學武器交易，S Team小心慎重，以快打慢，攻的董啟超措手不及。最終在S Team各隊員默契配合下，董啟超的手下被制服，董啟超則僥倖逃離。董啟超驚魂未定，卻見許森出現在自己面前。董啟超本以為遇到救兵，怎料許森卻終於揭開他真正面目，他此次回港，其中一個目的便是要向生父報仇，當年董啟超拋棄髮妻，更令其慘死于許森面前。多年來許森一直仇恨董啟超，如今終於有機會。許森說完後，親自動手殺死董啟超。

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第二十四集(03/24)
董啟超死後，化學武器的威脅終於解除，S Team在董啟超的工廠中，搜出大量危險的化學武器。警務處處長下令，S Team解散，然而文卻發現，搜查而得的化學武器中，竟沒有DH2的蹤影。DH2乃各方拚命爭奪的最強化學武器，其殺傷力不容小覷，如果DH2落入危險分子手中，後果不陷設想。所以，文請求處長寬限多一個月的時間，讓S Team盡最後的努力查出背後真相。Don被解職後，和Mike合作調查，兩兄弟查到死亡的探員曾接過一通不明的電話。Don動用了一些手段，終於成功查到電話撥出的位址，Mike赫然發現此處竟然就是Mr.T的住宅。同時，Mr.T 亦得知東窗事發，為了拖延時間，Mr.T使出奸計故意誤導Mike，目的是令Mike誤以為他的意中人莉被綁架，那樣Mr.T自己便可趁機逃脫。然而，此時文也終於發現事情真相。

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第二十五集(03/25)
文、Don、Mike三人終於放下心中的成見，再次攜手合作，務要將Mr.T捉拿歸案。經過一番生死追逐後，文、Don、Mike終於追上Mr.T，然而Mr.T卻是故意將文、Don、Mike引入陷阱之中，為救昔日兄弟，Mike毅然放棄了抓到Mr.T的機會，將Don成功救出，然而自己也身受重傷，兄弟情不言而喻，文把一切看在眼內。蔡肇培雖答應研製DH2，但心中仍舊不斷掙扎，徘徊在善與惡之間。蔡肇培終於忍不住，偷偷聯絡曾經的好友程頌昕醫生，希望向其傾訴心中的糾結，然而半途卻突然改變主意，斷然跑走。Mr.T雖僥倖逃脫，但將面對組織的嚴厲懲罰，他不甘於此，於是便下定決心叛逃。他找上許森，揭露兩人原來屬於同一個組織，多年來一直密謀獲得DH2，以完成恐怖陰謀。然而許森已猜到Mr.T的意圖，斷然拒絕其要求，徹底走投無路之下，Mr.T認為這一切都要歸罪於破壞自己計畫的Mike。

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第二十六集 (03/28)
Mike仍在醫院養傷，Mr.T殺到，Mike負傷奮力和其殊死搏鬥。最終仍是Mike技高一籌，將其武器繳械，拔槍指住Mr.T. ，他自知死路一條，面對Mike的苦勸，仍舊沒有選擇投降，最終自殺而死。另一邊，濟群會的神秘文字被專家破譯，S Team得以進一步瞭解這一神秘組織的資訊：組織自稱Infinity，成立至今已超過數百年，歷史上數次大規模天災，均是由其背後操縱，卻聲稱其目的是為了世界和平。眾隊員聽完後，均覺匪夷所思。自蔡肇培開始研製DH2後，杜文彬便突然將大部分公司股份轉給杜以盈，更漸漸退出公司日常運作。杜以盈關心杜文彬，卻無所得知他究竟遇上什麼事，於是轉而向樂求助，兩人相處漸久，杜以盈漸漸對樂芳心暗許，樂卻因為死去的小魚，不敢正面回應這一感情。
杜以盈對杜文彬種種古怪行徑越發感到奇怪，向其對峙，最終迫於無奈之下，杜文彬只得向盈說出真相：他要以DH2，向金智海換回失蹤多年的妻子玥。文、Mike解開間隙，文邀請Mike加入S team，一同查案。Mike向S Team展示自己之前跟蹤Mr.T時，曾偷拍到他跟一個神秘男子見面，軒見到後，認出此人正是許森。

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第二十七集 (03/29)
軒約許森出來見面，質問他與Mr.T之間的關係。許森其實早已安排狙擊手待命，然而在關鍵時刻，始終仍是無法狠下心對付昔日好友軒，故放棄原來計畫，自願被軒逮捕。軒帶許森返回S Team總部的路上，遭遇一夥神秘人突如其來的襲擊，軒、許森二人均受傷昏迷。軒醒來後，見到神秘人頭目伊萬，他正向許森逼問DH2下落，原來他們也是覬覦DH2的買家之一。許森被伊萬嚴刑逼供，仍守口如瓶，誓死不肯透露半句，但當伊萬以軒的性命作為要脅時，許森顧念好友安危，終於鬆口，說出一個位址。軒、許森面臨絕境，被迫合作，制服看守的守衛後二人共同逃跑，此時伊萬和手下也知中計，折返追殺軒、許森二人。軒、許森無路可退，最終雙雙跳入海中。文率S Team前來救援，擊敗伊萬和一眾手下後，面對茫茫大海，不知軒、許森生死。

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第二十八集 (03/30)
軒重傷昏迷，許森把軒救到海岸上。軒大難不死，醒來後得知許森是為了救自己而不知所終。軒對許森雖然失望，怪責他變成一個壞人，但想起許森為自己作出的犧牲，軒又充滿感動與感激，軒在情與理之間搖擺，心中五味雜陳。寶與軒飲酒，安慰軒的情緒，並邀請軒上自己的家，軒婉轉拒絕。樂帶杜以盈到小魚的墓地，坦承對小魚的長情以及利用杜以盈的真相，杜以盈傷心無奈，心中有氣，二人主僕關係不再，朋友關係亦已決裂。樂申請回歸警隊，文非常歡迎，並向Mike推薦樂，讓樂協助Mike。Mike、樂、Don成功拘捕JJ，卻被George Hill逃脫。蔡肇培良心發現，後悔以往犯的錯，掙扎不已，認為一切還可以挽回。杜文彬準備交易DH2，另一邊廂，樂向杜以盈打聽杜文彬的下落，聲稱杜文彬將會有生命危險。

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第二十九集 (03/31)
Mike、Don追查濟群會主任George Hill的行蹤，發現杜文彬、蔡肇培二人所在的流動實驗室。George Hill欲從杜文彬手中奪取DH2，但被蔡肇培死命阻止。最終Mike、Don趕到，逮捕George Hill和蔡肇培。同一時間，S Team收到消息，金智海打算再次回港。利用天眼系統，結合步伐分析，S Team終於破了金智海易容的招術。文、軒帶隊，趕至金智海和杜文彬的交易現場。杜文彬交出DH2，欲換回妻子玥。夫妻多年重逢，百感交集，金智海同意放走玥，但卻要杜文彬和自己回去，以便量產DH2。杜文彬毅然決然答應，讓玥趕緊離開，然而玥為救丈夫，竟開車撞向金智海一行人，危機一刻，文下令行動，S Team從數個方向發起進攻，將金智海手下一一擊斃。眼見戰局不利，金智海帶著DH2開車逃走。S Team布下天羅地網，最終金智海的車撞到路邊，DH2洩漏，金智海慘死于車內。文一早已下令化學反應部隊待命，此時立即封鎖現場，才得以制止DH2進一步蔓延。行動成功，至此香港所有化學武器賣家已被抓捕，S Team功成身退，文、Don、Mike、軒、寶、樂終於可以松一口氣。歲月靜好，軒、寶已快談婚論嫁。