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第二十一集(03/21)
Mike知道只有自己可以證明清白，為查出真相，不惜拒捕。被全城通緝的他，走投無路之下只能投靠他唯一信任的人——展敏莉。兩人相識多年，莉其實是文的妹妹，多年來一直試圖修補文、Mike之間的關係，也是唯一相信Mike是無辜的人。樂懷疑杜文彬和許森，軒雖一時無法相信兒時好友會與化學武器交易有關，但也不得不承認他對許森瞭解甚少，尤其是許森離開香港後數年，行蹤一直成迷。寶查到許森被一個名為濟群會的教會收養，於是和軒一起去瞭解許森的資訊。過程中軒、寶赫然發現，那名死去的反恐聯盟探員，竟然也是在此處被收養，和許森一起離開香港。軒、寶回去確認這一資訊後，認為此事背後必有蹊蹺，決定再次回去教會調查。怎料卻被濟群會主任George Hill襲擊，對方更燃起大火，試圖燒毀整間屋。S Team在濟群會主任辦公室中，發現牆上有疑似密碼刻成的文章，經專家分析後，竟是一種古老文字，然而翻譯需時。軒心中驚疑不定，沒想到許森的背景竟如此神秘。

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第二十二集(03/22)
許森照顧蔡肇培的這段時間，耍心計令蔡肇培漸漸放下心中防備，一心要取得蔡肇培的信任。許森知道蔡肇培的過往慘痛經歷後，更表示願意協助蔡肇培逃跑。許森安排蔡肇培和女中醫蘭一起逃走，然而過程中卻遭到一夥神秘人襲擊，最終蘭慘死於蔡肇培面前。蔡肇培傷心欲絕，想不到自己為了不願製造出化學武器，一輩子逃避，卻始終避不了才華帶來的災難，如今更禍及心愛的女人……許森看准蔡肇培正值心靈最軟弱、信念最動搖的時刻，便趁機出言唆使蔡肇培，灌輸自己的一套歪理，一心想改變蔡肇培的價值觀，蔡肇培在蘭死後大受打擊、精神萎靡，漸漸被許森黑化。許森和董啟超碰面，告知董啟超，蔡肇培已同意研發DH2，待時機成熟，自己便會將DH2親自交給董啟超。原來二人一直有所密謀，連杜文彬也被蒙在鼓裡。

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第二十三集(03/23)
Mike偷偷找上Don，告知對方反恐聯盟的探員死去時，現場有第三人，然而Don表示附近CCTV都找不到有此人存在。文知道Don和Mike會面後，大發雷霆，質問Don為何不逮捕疑犯，Don認為案件確有可疑，他選擇相信Mike. 文一怒之下，將Don開除出S Team。S Team收到線報，得知一名新買家Alden Pat到港，準備購買DH2，於是布下嚴密監視，卻發現此人是和董啟超接觸。軒、寶疑惑究竟DH2是杜文彬還是董啟超研製，決定繼續追查。S Team透過監控董啟超和Alden Pat，得知二人很快就要交易。然而交易當日，董啟超卻詭計頻出，試圖擺脫S Team的追蹤，好在軒機智識破其軌跡，最終鎖定董啟超和Alden Pat在油漆廠交易。事關化學武器交易，S Team小心慎重，以快打慢，攻的董啟超措手不及。最終在S Team各隊員默契配合下，董啟超的手下被制服，董啟超則僥倖逃離。董啟超驚魂未定，卻見許森出現在自己面前。董啟超本以為遇到救兵，怎料許森卻終於揭開他真正面目，他此次回港，其中一個目的便是要向生父報仇，當年董啟超拋棄髮妻，更令其慘死于許森面前。多年來許森一直仇恨董啟超，如今終於有機會。許森說完後，親自動手殺死董啟超。

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第二十四集(03/24)
董啟超死後，化學武器的威脅終於解除，S Team在董啟超的工廠中，搜出大量危險的化學武器。警務處處長下令，S Team解散，然而文卻發現，搜查而得的化學武器中，竟沒有DH2的蹤影。DH2乃各方拚命爭奪的最強化學武器，其殺傷力不容小覷，如果DH2落入危險分子手中，後果不陷設想。所以，文請求處長寬限多一個月的時間，讓S Team盡最後的努力查出背後真相。Don被解職後，和Mike合作調查，兩兄弟查到死亡的探員曾接過一通不明的電話。Don動用了一些手段，終於成功查到電話撥出的位址，Mike赫然發現此處竟然就是Mr.T的住宅。同時，Mr.T 亦得知東窗事發，為了拖延時間，Mr.T使出奸計故意誤導Mike，目的是令Mike誤以為他的意中人莉被綁架，那樣Mr.T自己便可趁機逃脫。然而，此時文也終於發現事情真相。

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第二十五集(03/25)
文、Don、Mike三人終於放下心中的成見，再次攜手合作，務要將Mr.T捉拿歸案。經過一番生死追逐後，文、Don、Mike終於追上Mr.T，然而Mr.T卻是故意將文、Don、Mike引入陷阱之中，為救昔日兄弟，Mike毅然放棄了抓到Mr.T的機會，將Don成功救出，然而自己也身受重傷，兄弟情不言而喻，文把一切看在眼內。蔡肇培雖答應研製DH2，但心中仍舊不斷掙扎，徘徊在善與惡之間。蔡肇培終於忍不住，偷偷聯絡曾經的好友程頌昕醫生，希望向其傾訴心中的糾結，然而半途卻突然改變主意，斷然跑走。Mr.T雖僥倖逃脫，但將面對組織的嚴厲懲罰，他不甘於此，於是便下定決心叛逃。他找上許森，揭露兩人原來屬於同一個組織，多年來一直密謀獲得DH2，以完成恐怖陰謀。然而許森已猜到Mr.T的意圖，斷然拒絕其要求，徹底走投無路之下，Mr.T認為這一切都要歸罪於破壞自己計畫的Mike。

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第二十六集 (03/28)
Mike仍在醫院養傷，Mr.T殺到，Mike負傷奮力和其殊死搏鬥。最終仍是Mike技高一籌，將其武器繳械，拔槍指住Mr.T. ，他自知死路一條，面對Mike的苦勸，仍舊沒有選擇投降，最終自殺而死。另一邊，濟群會的神秘文字被專家破譯，S Team得以進一步瞭解這一神秘組織的資訊：組織自稱Infinity，成立至今已超過數百年，歷史上數次大規模天災，均是由其背後操縱，卻聲稱其目的是為了世界和平。眾隊員聽完後，均覺匪夷所思。自蔡肇培開始研製DH2後，杜文彬便突然將大部分公司股份轉給杜以盈，更漸漸退出公司日常運作。杜以盈關心杜文彬，卻無所得知他究竟遇上什麼事，於是轉而向樂求助，兩人相處漸久，杜以盈漸漸對樂芳心暗許，樂卻因為死去的小魚，不敢正面回應這一感情。
杜以盈對杜文彬種種古怪行徑越發感到奇怪，向其對峙，最終迫於無奈之下，杜文彬只得向盈說出真相：他要以DH2，向金智海換回失蹤多年的妻子玥。文、Mike解開間隙，文邀請Mike加入S team，一同查案。Mike向S Team展示自己之前跟蹤Mr.T時，曾偷拍到他跟一個神秘男子見面，軒見到後，認出此人正是許森。

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第二十七集 (03/29)
軒約許森出來見面，質問他與Mr.T之間的關係。許森其實早已安排狙擊手待命，然而在關鍵時刻，始終仍是無法狠下心對付昔日好友軒，故放棄原來計畫，自願被軒逮捕。軒帶許森返回S Team總部的路上，遭遇一夥神秘人突如其來的襲擊，軒、許森二人均受傷昏迷。軒醒來後，見到神秘人頭目伊萬，他正向許森逼問DH2下落，原來他們也是覬覦DH2的買家之一。許森被伊萬嚴刑逼供，仍守口如瓶，誓死不肯透露半句，但當伊萬以軒的性命作為要脅時，許森顧念好友安危，終於鬆口，說出一個位址。軒、許森面臨絕境，被迫合作，制服看守的守衛後二人共同逃跑，此時伊萬和手下也知中計，折返追殺軒、許森二人。軒、許森無路可退，最終雙雙跳入海中。文率S Team前來救援，擊敗伊萬和一眾手下後，面對茫茫大海，不知軒、許森生死。

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第二十八集 (03/30)
軒重傷昏迷，許森把軒救到海岸上。軒大難不死，醒來後得知許森是為了救自己而不知所終。軒對許森雖然失望，怪責他變成一個壞人，但想起許森為自己作出的犧牲，軒又充滿感動與感激，軒在情與理之間搖擺，心中五味雜陳。寶與軒飲酒，安慰軒的情緒，並邀請軒上自己的家，軒婉轉拒絕。樂帶杜以盈到小魚的墓地，坦承對小魚的長情以及利用杜以盈的真相，杜以盈傷心無奈，心中有氣，二人主僕關係不再，朋友關係亦已決裂。樂申請回歸警隊，文非常歡迎，並向Mike推薦樂，讓樂協助Mike。Mike、樂、Don成功拘捕JJ，卻被George Hill逃脫。蔡肇培良心發現，後悔以往犯的錯，掙扎不已，認為一切還可以挽回。杜文彬準備交易DH2，另一邊廂，樂向杜以盈打聽杜文彬的下落，聲稱杜文彬將會有生命危險。

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第二十九集 (03/31)
Mike、Don追查濟群會主任George Hill的行蹤，發現杜文彬、蔡肇培二人所在的流動實驗室。George Hill欲從杜文彬手中奪取DH2，但被蔡肇培死命阻止。最終Mike、Don趕到，逮捕George Hill和蔡肇培。同一時間，S Team收到消息，金智海打算再次回港。利用天眼系統，結合步伐分析，S Team終於破了金智海易容的招術。文、軒帶隊，趕至金智海和杜文彬的交易現場。杜文彬交出DH2，欲換回妻子玥。夫妻多年重逢，百感交集，金智海同意放走玥，但卻要杜文彬和自己回去，以便量產DH2。杜文彬毅然決然答應，讓玥趕緊離開，然而玥為救丈夫，竟開車撞向金智海一行人，危機一刻，文下令行動，S Team從數個方向發起進攻，將金智海手下一一擊斃。眼見戰局不利，金智海帶著DH2開車逃走。S Team布下天羅地網，最終金智海的車撞到路邊，DH2洩漏，金智海慘死于車內。文一早已下令化學反應部隊待命，此時立即封鎖現場，才得以制止DH2進一步蔓延。行動成功，至此香港所有化學武器賣家已被抓捕，S Team功成身退，文、Don、Mike、軒、寶、樂終於可以松一口氣。歲月靜好，軒、寶已快談婚論嫁。

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第三十集 (大結局) (04/01)
半年過後，文、Don、軒、寶、樂都重新回歸忙碌而平穩的生活中。本以為DH2危機解除後，短期內再難有更大的事，但此時卻傳來一則消息，再次打破了眾隊員平靜的生活。寶收到水警通知，人跡罕至的藍州島上有一群可疑人士頻繁活動，進一步調查後，卻赫然發現，種種證據指向下落不明的許森，懷疑許森佔據藍州島，仍在進行恐怖的化學武器實驗。S Team隊員不敢鬆懈，馬上再度集結，迎來最後一戰。原來許森利用逃犯進行實驗，他在DH2的基礎上，研製出威力更強大的新型化學武器，一旦接觸，便會使人喪失理智，出現極端的暴力傾向。已陷入瘋狂狀態的許森，解放出諸多已吸入新型化學武器的逃犯，以對付S Team。最終，軒和許森上演一場兄弟對決，軒選擇站在正義的一邊，縱使心中萬般不忍，仍然忍痛將兒時好友擊斃。然而，許森臨死前，已釋放出大量新型化學武器，軒為阻止洩露關閉閘門，卻不慎吸入. 好在蔡肇培的解毒劑及時研製成功，最終英雄不死，正義亦得以彰顯。